北京大学图书馆哲学系（宗教学系）分馆（以下简称哲学系分馆），前身是北京大学哲学系资料室，始建于1952年。1952年全国院系调整，部分高校哲学骨干教师汇入哲学系，进一步壮大了哲学系的阵容。最初是由容汝熀老师在辩证唯物主义、历史唯物主义教研室负责资料工作。图书室内收藏和保管的主要是外文期刊。汤侠声老师做翻译，辛文荣和容汝熀两位老师主要任务是整理苏联专家的讲课稿，发给学生做教材。
1959年著名马克思主义哲学史家黄枬森先生到资料室工作。黄枬森先生和辛文荣老师担任资料室副主任。汤侠声、颜品忠、王宪睿、岳峰四位老师为翻译人员。随后由黄枬森负责将系里的图书和资料合在一起，成立了编译资料室。他们翻译和编写了《反杜林论注释》、《哲学笔记注释》、《毛泽东哲学思想》、《毛泽东自然科学》等资料。这些资料由于编写与出版时间早、质量好，在哲学界起了良好的作用。
1961－1962年资料室的老师承担人民大学卡片发行社的中外哲学史资料卡片工作，文革前系资料室也有保存。为配合教学和科研，每年由黄枬森先生组织资料室老师讨论系教学计划，然后根据系教学计划制定资料室计划，资料室的计划服从服务于教学计划。社会主义教育运动开始后，黄枬森先生和辛文荣老师抽调搞“社教”，直至文化大革命，编译资料室的工作基本处于瘫痪状态。
1976年编译资料室与大图书馆合并。哲学系自己的资料存在系里，图书和期刊归大图书馆所有，资料人员也归大图书馆管理。
1978年编译资料室又从大图书馆分回到哲学系。原来系编译资料室合并到图书馆的图书和期刊又重新分配到资料室。经过将近两年的清查工作，初步建立了底帐，参照图书馆规则分类、注目、排架。从教员手中收回图书840多册，购买新书2000多册，补期刊900多册，许多有学术价值的重要期刊完整成套。图书资料日益丰富，科研条件极大改善。随后制定和健全图书资料借还、保管、阅览制度。
1978年，心理学专业从哲学系分出，独立成为心理学系。唐钺和程乃颐等先生到了心理学系，退休后把藏书捐给了资料室。
1986－1987年在资料室主任颜品忠老师的带领下，资料室办了内部刊物《哲学参考》。除了本系教师每人一册外，还向其他院校及与我系有关的单位赠送。
1998年，北京大学外国哲学研究所并入哲学系，外哲所的资料室也并入哲学系资料室，合并后称为哲学系资料室。在探索道路、积累经验、付诸实践的过程中形成了质量与特色相结合的新资料室。
2004年哲学系资料室加入总分馆体系，更名为“北京大学图书馆哲学系（宗教学系）分馆”，2013年开始面向全校读者开放借书，是首批面向全校读者开放借书的六个分馆之一。本校读者只需持本人校园卡（或借书证）就可以直接前往哲学分馆借还图书，借阅规则遵循现行《北京大学图书馆馆藏借阅制度》。
1978-2014年，哲学系资料室主要由邸建新、王军、侯金娥老师负责日常工作。2006-2025年先后由程炼、刘哲、吴天岳、程炜、李麒麟和南星老师担任馆长，分管哲学系分馆工作的系领导有李四龙、王彦晶等老师。
历任馆长和馆员（2007.12-2025.03）
- 馆长：李麒麟长聘副教授（2022.11-2025.03）
- 馆长：程炜长聘副教授（2020.10-2022.10）
- 馆长：吴天岳副教授（2016.6-2020.10）
- 馆长：刘哲副教授（2007.12-2016.05）
- 中文图书(宗教类除外)(232室)馆员：邸建新老师（1978年-2014年）
- 外文图书、宗教类中文图书、现象学馆藏文献（230室）馆员：王军老师（1979年-2014年）
- 中外文期刊（232室）馆员：侯金娥老师（1986年-2010年）